Что такое - CUE File. Для чего используется, этот тип файлов, и через какую программу их открывать ?

Cue Sheet Track
Обычно как .iso с музыкой, открыть Daemon Tools(http://file.org/dl/dl.php?pid=1692) или алкоголем(Alcohol 120), или записать на диск

когда музыка записана одним файлом, делается cue file который разделяет файл на треклист.(например рип a state of trance с радио) открыть любым аудио плеером. только в файле должно быть указано местонахождение музыкального файла и его точное имя.
или это образ открываемый daemon tools

чаще всего - музыкальный диск несжатого качества (flac), прямая копия оригинального диска с полочки магазина и из неё получается сжатый популярный формат mp3

для проигрывания - практически любой музыкальный плеер. я пользуюсь  jetaudio
для редактирования/разрезания на треки - http://www.medieval.it/cuesplitter-pc/menu-id-71.html
для записи на диск - Burrrn