почему когда комп включился у меня не высвечивается скайп?

В скайпе -> Инструменты -> Настройки -> Общие настройки-> Поставь галочку на Запускать Скайп при запуске виндовс  

потому что он не состоит в списке программ которые загружаются вместе с системой.

А вам это нужно; люди на оборот его исключают из авто запуска, skype грузит загрузку системы, поэтому его лучше самому запускать с ярлыка.