В детстве часто падала на колени. Теперь при беге и обычной ходьбе иногда чувствую боль. Надо чем-то мазать или просто "забить"?

Скорей всего повреждены хрящевые ткани. Начинается артрит коленных суставов. Пока не начался надо принимать меры и всё будет ок.
1. Лечебная физкультура - много повторений по максимальной амплитуде, без нагрузки. Упражнения с весом и бег тебе, вообще, пока противопоказаны. Лучше нагрузки, где твой вес не давит на колени - велосипед, плавание.
2. Если повышенный вес, снижать вес
3. Принимать глюкозамин и хондроитин. Т.е. то, из чего организм создаёт хрящевую ткань. Если боль, значит хрящи УЖЕ повреждены. Если довести до полного их разрушения, нужно будет трансплантировать механический коленный сустав.  

Принимать глюкозамин надо минимум пол года и больше. По два-три раза в день. Хрящей в организме много и лекарство расползается по всем, восстановление идёт неспешно.
Можно, конечно, укол глюкозамина делать прямо в сустав, но это к врачу обратись. К спортивному или хирургу. Или ревматологу. И такие укольчики стоят неплохо

надо бы у врача узнать как эту боль убрать раз и навсегда

Одни из самых серьёзных проблем и патологий костной системы-это чаще всего игнорирование симптомов,которые обязывают посетить специалиста. В особенности с локтевым суставом и коленями,которые имеют сложное строение,нужно быть предельно бдительной.
Даже если не было травм,при таких показаниях ты уже должна была быть у хирурга,и хотя бы сделать банальный снимок,на предмет изменений в суставах...вперёд!

Забей, рабочие ноги не такая нужная вещь.

мази не помогут

по идее надо сделать магнитный резонанс чтобы посмотреть что с коленом. Может быть пвоспаления связок, тогда пролечишь, может быть мениск поврежден... итд...