Как в vlc плеере загрузить к фильму отдельно скачанную аудио дорожку в ac3 формате ?

VirtualDub - > Save Wav =)

  Руками подгрузи. Он не обязан подбирать все файлы. Особенно если у него название не такое же как у видео. Скорее всего именно поэтому и другие не подхватывают эту дорогу.
  
Ложь. У меня всё отлично читает. У тебя сабы кривые, или кривая версия VLC. Хотя можешь попробовать перевести сабы в юникод - но обычно vlc читает ваще всё. Это kmplayer у меня не читал русские сабы если они были не в юникоде.

http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/win32/mkvtoolnix-unicode-3.2.0-setup.exe

Файлы .srt  и есть субтитры.
Врубаются они просто - в bsplayer просто перетягиванием их папки в плеер. B VLC - вот так   Может и перетягивание прокатит, не проверял.
В kmplayer - перетягивание не катит, он тогда пытается проиграть субтитры))
Там открываешь видео, дальше правой кнопкой куда-нибудь тыкаешь и выбираешь  открыть - открыть субтитры.
Про другие плееры ничего не скажу, но там должно быть примерно также.

Правильные плееры (bsplayer например) позволяют подгружать звуковую дорожку из файла.
.Это тебе и нужно.

Много программ для этого есть. Это и SONY Vegas ,и VirtualDUB, и WindowsMovieMaker. Возможно так же, что может понадобиться звуковой редактор для дорожки (например, Sound Forge)

Если у тебя стоит CCCP, то через иконку в трее. А лучше юзай Media Player Classic

VirtualDub

вариантов много ну например вырезать аудио дорожку или весь файл переконвертить в mp 3 могу помочь если очень надо