На основе какой файловой системы лучше устанавливать Linux ?

Да, 4 Гб жмут.. и жмут серьёзно. Это не объём. Ни тебе HDTV-фильм перенести, ни резервную копию системы.
Но зато NTFS-носители (flash, USB-диски) разрешается подключать и отключать ТОЛЬКО при выключенном компьютере. И не надо мне пажаласта говорить "я сто раз отключал диск, не выключая компьютер, и всё работало". Для невнимательных ещё раз скажу - для отключения или подключения NTFS-диска вы ОБЯЗАНЫ делать Shutdown. Такова селяви.

По теме: NTFS.

Virtulis, ext3 это не лучшая файловая система :-)
Попробуйте ReiserFS 3.6 или 4 ветку - если у вас большое кол-во маленьких файлов и каталогов - то используя райзер вы остаётесь в плюсе. (очень высокая производительность), на больших файлах - xfs (от Silicon Graphics Inc.), на старом АО неплохо себя зарекомендовала JFS (от IBM), тоже довольно быстро работает.

На BSD (NetBSD, FreeBSD, OpenBSD, DragonflyBSD) - рулит UFS (FFS - Fast File System).

ничего форматировать не надо. Достаточно выполнить в командной строке следующее:

convert C: fs:NTFS /x
(вместо C: возможно придётся подставить другую букву, в зависимости от того, какой диск нужно отконвертировать).

при этом появится сообщение, что на время конвертирования (как правило быстрое по времени) данный диск будет недоступен. Если же это системный диск, то потребуется разовая перезагрузка. Об этом тоже вы будете предупреждены. И после ближайшей перезагрузки том будет автоматически переконвертирован в NTFS.

файловая система слетела скорее всего, вначале попробуй на другом компе запустить, если не катит то уже думать надо, можно формат сделать если тебе файлы не надо, а если надо файлы тогда придется файловую систему восстанавливать =] а это не просто, но можно

Ты пытаешься перекопировать на другой носитель какой-либо файл размером более 4ГБ,который отформатирован под ФАТ32.Это файловая система не поддерживает файлы более 4ГБ.так что тебе надо менять файловую систему на своём накопителе данных на НТФС,экст2фс и т.д.Зависит от операцмонной системы,которую ты пользуешь

Если не планируете писать на неё файлы больше 4 гб,
тогда FAT32 , если будете лить одним куском больше чем 4 294 967 295 байт, тогда NTFS

можно даже не форматировать, а конвертировать FAT32 в NTFS, тогда все файлы останутся. в командной строке наберите convert с: /fs:ntfs
вместо с: нужно указать букву флешки

по умолчанию FAT32.....а там можешь в NTFS перегнать